Le Directeur Général du centre s’appuie sur deux instances de gouvernance pour assurer la gestion du Centre Mohammed VI de la Recherche et de l’Innovation : le Comité de Direction (CODIR) et le Conseil Scientifique et Technique (CST).
Le Comité de Direction (CODIR) du CM6RI est le premier cercle stratégique dans sa gestion. Il veille à la cohérence de la politique du CM6RI en liaison avec l’ensemble de ses instances scientifiques. Le CODIR est en charge de toutes les décisions stratégiques de ses propres initiatives ou en fonction de ce que le conseil d’administration de la Fondation propose ou recommande. Il rassemble autour du Directeur Général tous les directeurs en fonction au CM6RI.
Le Conseil Scientifique et Technique (CST) du CM6RI est l’instance de réflexion, d’évaluation et de proposition d’avis et recommandations sur les grandes orientations de la politique scientifique et technique du centre. Le CST est composé de personnalités scientifiques et techniques, choisies en raison de leur compétence et leur expertise dans les domaines d’activité du CM6RI.